एके दिवस सकाळी मयूरेश्वराची षोडशोपचारे पूजा करून मोरया गोसावी घरी निघाले होते. एवढ्यात बाहेरच्या ओवरीत त्यांना एक दिव्यमूर्ती दिसली. माथ्यावर जटाभार, मस्तकावर त्रिपुंड्र, गळ्यात रुद्राक्षाची माळ, अंगात भगवी कफनी व पायात खडावा. अशी दिव्य मूर्ती पाहताच मोरया गोसावींचे पाय थबकले, मन विरघळू लागले. दोघांची दृष्टादृष्ट झाली. हृदयाचे संकेत हृदयाला कळले. धावत जाऊन मोरया गोसावींनी त्या साधूंचे पाय घट्ट धरले. विरघळलेल्या मनाच्या गंगा यमुना डोळ्यातून वाहू लागल्या. त्यांनी सद्गुरुचरणांना स्नान घातले. मोरया गोसावी म्हणाले, ‘महाराज माझ्यावर कृपा करा, मला अनुग्रह द्या. शिष्य म्हणून माझा स्वीकार करा. ‘त्या साधूंनी मोरयांच्या मस्तकावर वरदहस्त ठेवला व तो साधू म्हणाला, ‘ जा, आजपासून तू सनाथ झालास. मी तुझा शिष्य म्हणून स्वीकार केला आहे.’ या शब्दांनी मोरया गोसावींना अवर्णनीय आनंद झाला.  नयनभारतींनी मोरया गोसावींना मंत्रोपदेश केला, ध्यानधारणादि योगसाधन शिकवले, षट्क्रि‍या, कुण्डलिनी जागृति, षट्चक्रभेदन समाधी अशा स्वरूपाचा संपूर्ण हठयोग शिकविला व आज्ञा केली की, “आता तू थेऊर क्षेत्री जाऊन तप कर. आम्हीही तीर्थयात्रेला जातो.” सद्गुरूंचा विरह होणार या कल्पनेने मोरया गोसावींना अत्यंत दुःख झाले. ते म्हणाले, “महाराज तीर्थयात्रेला जाताना मला बरोबर घ्या. मी आपली सेवा करीन. माझी सेवा करण्याचा इच्छा अपुरी राहिली आहे.” नयनभारती म्हणाले, “अरे तू तीर्थयात्रेला येऊ नकोस. प्रवासात साधनेत अनेक अडथळे येतात. आता तुला माझी सेवाच जर करायची असेल तर थेऊरच्या चिंतामणीची सेवा कर.” जड अंतःकरणाने मोरया गोसावींनी सद्गुरू नयनभारतींचा निरोप घेतला. निघताना मोरया गोसावींनी विचारले, “आता आपली पुनः भेट केव्हा होईल ?” नयनभारती म्हणाले, “तू जेव्हा दर्शनाच्या इच्छेने स्मरण करशील, त्यावेळी मी तुला दर्शन देईन. काही वर्षांनी आयुष्याच्या उत्तरार्धात मी तुला चिंचवड येथे दर्शन देईन.” असा आशीर्वाद देत योगिराज नयनभारती निघून गेले. अश्रुपूर्ण नेत्रांनी मोरया गोसावींनी त्यांना निरोप दिला.

श्री मोरया गोसावी आता आपले आयुष्य मंगलमूर्तींच्या उपासनेत घालवीत असत. एक दिवस मोरया गोसावींना आपल्या गुरुंची नयनभारतींची आठवण झाली. श्री मोरया गोसावींनी भेटण्याच्या इच्छेने तीव्रतेने गुरुंचे स्मरण केले. श्री मोरया गोसावींनी प्रेमाने दंडवत घातले व प्रार्थना केली, “महाराज, आता आपण चिंचवड क्षेत्रीच रहावे. मलाही आपले नित्य दर्शन होईल व गुरुसेवाही करता येईल.” त्यांनी मोरयांची प्रार्थना मान्य केली व चिंचवडला राहिले. मोरया गोसावींची गुरुसेवेची इच्छाही पूर्ण झाली. नंतर ई.स. १५५९ मध्ये नयनभारती यांचे महानिर्वाण झाले.